日治時期臺灣地區土地登記業務係由「法院出張登記所」辦理，直屬於各地方法院管轄。本所轄區土地全涵蓋於當時花蓮港廳鳳林郡轄區範圍，由台北地方法院花蓮港支部負責管理登記，民國34年台灣光復後，土地登記管轄權由法院改隸行政機關。
民國41年9月1日奉花蓮縣政府申東鯨地籍字第三八四六0號令成立鳳林地政事務所，當時編制員額18人，主要職掌為辦理土地建物登記、土地建物測量、地目變更及地目等則銓定調整、地價、地權調整、土地利用等地政業務相關事項。轄區範圍為鳳林鎮、光復鄉、萬榮鄉、豐濱鄉、壽豐鄉等五個鄉鎮，隸屬花蓮縣政府管轄。民國47年，花蓮地政事務所成立，其後將壽豐鄉地政業務移撥該所管理。
民國41年奉令成立鳳林地政事務所，當時未分股，於民國58年，組織內部單位設置第一股(登記)、第二股(測量)。至民國68年，全國工商業迅速發展，社會經濟繁榮，各項地政業務日益加重，業務工作量增加，遂增設第三股(地價)，以應業務擴增需求。其後漸致原辦公室及地籍倉庫不敷需求，乃於民國76年，由原鳳林鎮中美路(壽天宮對面)遷移至鳳林鎮信義路200號(現址)新建辦公廳。民國80年，內部單位設置名稱由股變更為課，編制為3課；嗣為因應地政業務資訊化需求，於民國87年增設資訊課，組織編制改為4課。本所目前轄管登記土地面積10萬4,921 公頃，10萬1,577筆，建物6,351棟，登記建物總面積116萬3,923平方公尺。
目前編制員額主任1人、秘書1人、課長4人、測量員3人、課員11人、技士1人、技佐2人、辦事員2人、書記1人、會計員1人，合計員27人、測量助理10人、工友2人，總計39人。
鳳林地政事務所歷任主任名冊